No inquérito, Temer é acusado de tentar obstruir a justiça e liderar organização criminosa. O ex-procurador-geral da República Rodrigo Janot sustenta na denúncia que o presidente Temer e os ministros Eliseu Padilha e Moreira Franco, ambos do PMDB, foram os responsáveis por liderar um esquema de corrupção, envolvendo integrantes do partido na Câmara, com o objetivo de obter vantagens indevidas em órgãos da administração pública.
Na acusação por obstrução de Justiça, Temer teria atuado para comprar o silêncio do doleiro Lúcio Funaro, um dos delatores nas investigações, que teria sido o operador do suposto esquema. A interferência teria ocorrido por meio dos empresários da JBS, Joesley Batista e Ricardo Saud, que são acusados do mesmo crime.
A partir da leitura da denúncia, o presidente da República e os demais acusados serão notificados pelo primeiro secretário da Câmara, deputado Giacobo (PR-PR), para apresentar suas defesas no prazo de até dez sessões do plenário. O processo será encaminhado à Comissão de Constituição, Justiça e Cidadania (CCJ), à qual cabe votar um parecer com relação ao prosseguimento da denúncia. A comissão analisa ainda se o processo será desmembradopor tipo de crime ou por autoridades a serem investigadas.
Depois de passar pela CCJ, a denúncia deverá ser analisada em plenário, onde deve receber pelo menos 342 votos, o que corresponde a dois terços dos 513 deputados, quorum exigido pela Constituição para que denúncias contra um presidente da República sejam investigadas pelo Supremo. A previsão do presidente da Câmara, Rodrigo Maia (DEM-RJ), é de que a votação da denúncia se encerre até o fim de outubro.